• Crise économique de 2007-2008 → Le gouvernement Fillon (sous la présidence de Nicolas Sarkozy) cherche les moyens de relancer l'investissement suite à la crise économique de 2007-2008. L'idée d'un emprunt auprès du grand public est évoquée pour collecter 35 milliards d'euros (dont la moitié serait réservée à l'enseignement supérieur et à la recherche). Ce montant sera bien investi, mais l'emprunt sera réalisé auprès des marchés, et non des Français.

• 2011-2012 → Le Commissariat Général aux Investissements d'Avenir (CGI), secondé par l'Agence Nationale de la Recherche, lance alors une importante série d'appels à projets, dont l'Idex, qui est le plus important. Il vise à labelliser et à doter financièrement des universités disposant d'un potentiel de recherche et de formation lui permettant de rivaliser avec les meilleures universités mondiales. L'idée du gouvernement est de faire émerger entre 5 et 10 pôles de rang mondial.

• Février 2011 : Idex version 1 → Le Pres (Pôle de recherche et d'enseignement supérieur), ancêtre de l'Université de Toulouse, présidé par Gilbert Casamatta, présente un dossier dans le cadre de la première vague, lequel contient des éléments relatifs à la recherche, aux programmes d'enseignement et surtout à la gouvernance.

Il est notamment question de créer une Université Fédérale (modèle University of California) d'un côté, et une fondation de coopération scientifique de l'autre, dont l'objectif est de gérer les fonds de l'Idex pour les soustraire aux conflits d'intérêts internes au site. Parmi les autres points du dossier, la création d'une école normale supérieure et la consécration d'un périmètre d'excellence auquel les fonds Idex seraient dédiés.

• Mars 2011 → Le projet toulousain passe avec succès la première étape de sélection en mars 2011 mais il est demandé aux acteurs de clarifier la gouvernance en vue du jury final en juin de la même année. Devant le jury, la délégation toulousaine ne réussit pas à convaincre de l'efficacité de la gouvernance proposée.

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• Décembre 2011 : Idex version 2 → Une deuxième vague de labellisation Idex est lancée par CGI et les dossiers rejetés lors de la vague 1 sont autorisés à se représenter directement devant le jury sans phase d'admissibilité. Le dossier toulousain est fortement remanié mais la notion de périmètre d'excellence est maintenue. Le dossier est déposé en décembre 2011 et à nouveau défendu devant le jury international en mars 2012. Cette fois-ci le dossier est accepté. Toulouse devient l'un des 8 pôles labellisés. L'Idex confère donc au site toulousain un label d'excellence et un financement associé de 750 millions d'euros de capital. En réalité, ce capital n'est pas transféré au Pres, mais seulement les intérêts produits au taux annuel de 3,4 %, soit environ 25 millions d'euros par an.

• Printemps 2012 → Le succès remporté en mars 2012 est vite oublié. Au printemps 2012, trois des principaux établissements du site changent de gouvernance : UT2 Le Mirail (arrivée de Jean-Michel Minovez), UT3 Paul Sabatier (arrivée de Bertrand Monthubert) et l'INP Toulouse (arrivée d'Olivier Simonin). Ces nouveaux décideurs n'ont pas été associés à la rédaction du dossier Idex. Le reproche est clairement fait aux anciennes équipes de n'avoir pas mis en place un processus démocratique dans les choix du dossier Idex, notamment sur l'épineuse question de la fusion des entités et sur celle de la gouvernance de l'Université de Toulouse. Gilbert Casamatta est remplacé à la tête de l'INP Toulouse par Olivier Simonin et contraint à la démission de la présidence du Pres. Marie-France Barthet est nommée en remplacement, et initialement pour deux années en juillet 2012.

• Fin 2012 - début 2013 → S'ouvre alors une période complexe où les nouvelles équipes souhaitent à la fois conserver le bénéfice de la labellisation Idex et des financements qui y sont attachés, tout en renégociant les axes du projet. Au plan national, le nouveau gouvernement issu des élections de 2012, avec Geneviève Fioraso à l'Enseignement supérieur et à la recherche, ouvre une voie pour la renégociation de l'Idex toulousain. Des commissions et groupes de travail se mettent en place entre fin 2012 et le premier trimestre 2013 pour aboutir à un document delta pointant les différences entre le dossier labellisé et le projet nouveau faisant consensus sur le site.

• Juillet 2013 → Signature de la convention attributive de l'Idex, convention qui marque le réel démarrage des programmes, avec un an de retard sur les autres sites labellisés en France. Les financements de l'Idex sont essentiellement orientés vers la recherche et la formation, dans une moindre mesure vers les relations internationales. Des programmes importants ont été lancés en matière de recherche. Ces programmes concourent à hisser le site vers l'excellence scientifique en attirant des personnalités de renom et en finançant des projets innovants et transversaux.

• Décembre 2015 → La manne financière de l'Idex n'est pas acquise de manière définitive et une évaluation à 3 ans est prévue afin de vérifier si les acteurs ont atteint leurs objectifs et de décider s'il convient ou non de maintenir la labellisation et le financement attaché. Un dossier d'autoévaluation a été remis au jury international en décembre 2015 et des auditions ainsi qu'un jury sont programmés au printemps 2016. Ce dossier comporte également une projection dans l'avenir où l'Université Fédérale doit décrire ses objectifs jalons pour les six années à venir.

• 29 avril 2016 → À l'issue de la session du jury international Idex présidé par le Professeur Jean-Marc Rapp, la communauté toulousaine a appris que l'Idex est arrêté. C'est un choc. Le jury international (contesté par les acteurs du dossier à Toulouse) a en effet considéré qu'"on ne pouvait observer une adhésion des acteurs à une démarche de transformation conduisant à une université de recherche intégrée, visible au plan international et reconnue comme telle".

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• 20 juin 2016 : Repêchage → Le gouvernement repêche l'Université fédérale de Toulouse en accordant un sursis de 18 mois pour présenter une nouvelle copie d'un projet d'Université d'excellence correspondant aux engagements pris en décembre 2011.

• Février 2017 → Les établissements de l'Université de Toulouse examinent le nouveau projet de gouvernance de l'Université de Toulouse. Il prévoit une gouvernance à deux niveaux, dans laquelle l'Isae-Supaero et UT1 Capitole ne font pas partie du "noyau dur" qui composera le futur établissement. Ce projet est défendu par Philippe Raimbault, nouveau président de l'Université de Toulouse depuis le 1er juillet 2016. La présidente d'UT1 Corinne Mascala, quant à elle, défendait un autre projet. Pour elle, il est "hors de question" que son université abandonne sa personnalité juridique au profit d'une gouvernance intégrée.

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